Nach der Gründung und während des ersten Tiberiumkrieges (Der Tiberiumkonflikt) wurde die GDI Von General Mark Shepherd angeführt. Als nach vielen Schlachten nur noch das europäische Hauptquartier der Bruderschaft von Nod in Sarajewo mit dem Tempel von Nod übrig ist, gelingt es der GDI mühsam, die Oberhand zu gewinnen und mit ihrer Ionenkanone den Tempel von Nod zu zerstören. Der Anführer Kane wurde dabei vermutlich getötet - das Spiel läst dies aber in den Endsequenzen offen.

C&C Renegade spielt gegen Ende des ersten Tiberiumkrieges, wobei die GDI hier größtenteils durch den Spieler als Nik "Havoc" Parker vertreten wird. Während dieser als eine Art Ein-Mann-Armee seine Aufträge erfüllt, werden von der Bruderschaft drei bedeutende Tiberiumwissenschaftler (Dr. Ignatio Möbius, Sydney Möbius und Dr. Elena Petrova) von der Schwarzen Hand, Nods Elite-Einheit, entführt. Nach einer erfolglosen Rettungsmission wird Havoc selbst von der Söldnerin Sakura befreit und setzt seinen Auftrag fort. Nachdem er dann Möbius findet, stellt sich heraus, woran Petrova arbeitet: An der kontrollierten und beschleunigten Mutation von Menschen durch Tiberium (Projekt: ReGenesis).

Als der zweite Tiberiumkrieg (Tiberian Sun) im Jahre 2030 ausbricht, hatte sich die GDI technologisch stark weiterentwickelt. Ihr neuer Anführer General Solomon hat sein Befehlszentrum in der Raumstation Philadelphia. Zunächst muss er überrascht und hilflos zusehen, wie Kane plötzlich zurückkehrt und Nod mehrere wichtige GDI Zentren vernichtet. Mit Hilfe des Commanders McNeill (der vom Spieler verkörpert wird) und den Mutanten gelingt es der GDI, die Bruderschaft von Nod zunächst wieder zurückzuschlagen und auch in den Besitz des Tacitus, einem geheimnisvollen Artefakt, das offenbar viele Informationen zum immer noch rätselhaften Tiberium enthält, zu gelangen. Am Ende gelingt es der GDI, den neuen Hauptstützpunkt von Nod in Kairo zu zerstören.

Im Erweiterungs-Pack Feuersturm schafft es eine kleine Gruppe von Nod-Streitkräften, der GDI den Tacitus wieder zu entwenden. Es stellte sich heraus, dass Nods KI Cabal sich selbständig machte und einen Angriff anordnete, um die gesamte Menschheit zu Cyborgs zu machen. Dazu benötigt Cabal den Tacitus, wobei Cabal einer der Wenigen ist, der den Tacitus entschlüsseln kann. Die GDI und die Bruderschaft von Nod haben dadurch keine andere Wahl, als sich kurzzeitig zu verbünden, um Cabals Kern zu zerstören.